9月30日，美国专利局在对FAT文件格式进行重新审核后，初步决定收回授予微软的专利。美国专利局宣布，从现在的发明来看，FAT专利并无新创意，因此不能再享受专利保护。微软有90天的时间就此决定做出反应。

　　美国专利局的这一声明并非最终决定，微软在最终决定做出之前还有很多机会保住此项专利。微软发表声明称：“美国专利局的这一举措是为了提升专利的质量，对此我们表示理解。从这点来看，我们有很大机会证明FAT文件格式仍在专利保护之列。”

　　美国专利局之所以重新审核FAT专利，同公共专利基金会(Public Patent Foundation)的背后推动有很大关系。公共专利基金会担心微软会通过FAT专利向开放源代码软件开发商收取专利费，因此提请美国专利局重新审核。今年6月，美国专利局批准了这一请求。公共专利基金执行董事丹尼尔-拉维切(Daniel Ravicher)表示：“美国专利局的声明明确表明微软的FAT专利并不存在。”

　　FAT是微软1976年推出的一种文件系统，到今天它已经不仅应用于个人计算机，同时还在数码相机及其它设备使用的移动闪存中广泛使用。开放源代码软件Samba在Linux和Unix计算机同Windows计算机进行数据交换时也用到了FAT专利，此外，Linux操作系统在读取Windows硬盘上数据时也应用了这项专利。

　　业界人士担心微软会就此指控Linux侵犯了该公司专利，同时有一天会收取专利费用。即使微软只收取少量的专利费用，对Linux也将是沉重的打击，因为根据GPL(General Public License)授权协议，如果Linux中包含需要交纳专利费用的专利就不能发布。